Ide pembuatan sekolah ini dicetuskan oleh Menteri Pertahanan dan Keamanan (MENHANKAM PANGAB) saat itu, Jenderal TNI L.B. Moerdani pada tanggal 20 Mei 1985 di Pendopo Agung Taman Siswa Yogyakarta. Jenderal TNI L.B. Moerdani mempunyai visi untuk membangun sekolah yang mendidik manusia-manusia terbaik dari seluruh Indonesia dan menghasilkan lulusan yang dapat melanjutkan cita-cita para Proklamator.
Untuk merealisasikan ide ini, maka dibuatlah MoU / nota kesepahaman antara ABRI dan Taman Siswa. Perguruan Taman Siswa dipilih karena merupakan organisasi kependidikan pertama di Indonesia. Dalam nota kesepahaman itu disepakati untuk membuat suatu lembaga bernama Lembaga Perguruan Taman Taruna Nusantara (LPTTN). Dengan Akta Notaris KOESBIONO SARMANHADI, S.H., M.H. Nomor : 116/Pdr/P/Not/1990/PN. Jaksel. Tanggal 24-02-1990, Nomor 21 Akta Notaris WENDA TAURUSITA AMIDJAJA, S.H. Nomor : C-204.Ht.03.05-TH.2004. Tanggal 23-07-2004 Lembaga ini merupakan kristalisasi dari visi Jenderal TNI L.B. Moerdani yang selanjutnya mengawasi proses pelaksanaan sekolah ini.
Penandatanganan Piagam Kerjasama ABRI & Taman Siswa
Dalam perjalanannya, SMA Taruna Nusantara akhirnya bisa berdiri. Diresmikan oleh Pangab (Panglima Angkatan Bersenjata) saat itu, Jenderal Try Sutrisno pada 14 Juli 1990. Kampus itu menempati lahan seluas 18.5 hektar dan terdiri dari komplek akademis, asrama siswa, dan komplek perumahan pamong dan guru, di atas tanah milik Akademi Militer, yang berlokasi tidak jauh dari Akademi Militer.
Selama 6 tahun pertama, Taruna Nusantara hanya menerima laki-laki sebagai siswanya dengan jumlah sekitar 245 orang. Namun mulai tahun 1996, LPTTN membuat kebijaksanaan baru dengan menerima angkatan putri pertama sebanyak 70 orang. Untuk mengakomodasi perubahan ini, area sekolah inipun diperluas menjadi 23 hektar.
Untuk menarik pemuda-pemudi terbaik dari seluruh strata sosial, LPTTN menawarkan beasiswa penuh kepada pelajar yang diterima dengan dukungan dana dari TNI yang mempunyai latar belakang politik dan keuangan yang kuat. Para Tenaga Pengajar (pamong) juga mendapat gaji yang di atas rata-rata serta fasillitas lainnya. Namun, setelah krisis ekonomi dan perubahan politik di tahun 1997, LPTTN mengalami kesulitan keuangan sehingga pada tahun 2001 menghentikan kebijakan beasiswa penuh ini. Sekarang, pelajar terpilih yang mempunyai kesulitan keuangan tetap mendapatkan beasiswa yang diberikan baik oleh individual, perusahaan, maupun pemerintah daerah.
Walaupun sekolah ini sering disebut sebagai sekolah semi-militer, kurikulum yang digunakan tidak 100% dari militer. SMA TN memakai sistem Kurikulum yang dibuat oleh Depdiknas sehingga bisa dibilang SMA TN sama dengan SMA lainnya. Tetapi, ada beberapa perbedaan yang cukup mencolok seperti kesatuan dari seluruh elemen pendidikan dan sistem yang khas yang dilaksana kan dalam kehidupan sehari-hari serta kegiatan sekolah pada umumnya. Bertolak belakang dengan kepercayaan umum, lulusan sekolah ini tidak punya kewajiban untuk memilih militer sebagai kelanjutan pendidikannya. Bahkan, sebagian besar lulusan SMA TN melanjutkan pendidikannya di sekolah non-militer, walaupun bisa dikatakan kalau yang memilih militer sebagai kelanjutan studinya jauh lebih besar dari SMA lain pada umumnya.
Kepala LPTTN pertama : Marsda TNI Teddy Rusdy, menjabat dari tahun 1990 s.d. 1993
Marsda TNI Teddy Rusdy & Jenderal TNI L.B. Moerdani
SMA Taruna Nusantara adalah Sekolah Menengah Atas Unggulan berciri kenusantaraan, untuk membentuk pemimpin bangsa berkualitas dan berkarakter yang berwawasan Kebangsaan, Kejuangan, Kebudayaan, dengan bercirikan kenusantaraan serta memiliki daya saing Nasional maupun Internasional dengan Pamong Pengajar Pengasuh dan Pamong Administrasi berkualitas, dibangun dan disiapkan menjadi satu kesatuan utuh dengan sarana dan prasarana serta fasilitas pendidikan yang modern yang mampu mengembangkan siswa secara profesional menjadi lulusan berkualitas tinggi yang siap berkompetisi di tingkat nasional dan internasional.
LPTTN sebagai unit pengelola SMA TN berkedudukan di Jakarta berada di bawah Yayasan Pengembangan Potensi Sumber Daya Pertahanan (YPPSDP). Kewajiban dan kewenangan LPTTN menyangkut managemen perencanaan, pelaksanaan, dan pengawasan / pengendalian kegiatan operasional SMA TN. Dalam hal ini LPTTN memiliki kewenangan dalam managemen personil atau sumber daya manusia (SDM), keuangan, dan material.
Dalam bidang SDM LPTTN menyelenggarakan rekruitmen siswa baru, rekruitmen dan pengelolaan/pembinaan personil (Pengurus Sekolah, Pamong Pengajar Pengasuh & Pamong Administrasi), serta menetapkan keputusan-keputusan mendasar mengenai siswa dan pamong SMA TN, seperti penetapan sanksi berat bagi pelanggaran siswa, pengangkatan dan pemberhentian ikatan kerja personil, kenaikan pangkat dan penghasilan, dll.
Dalam hal manajemen keuangan LPTTN merumuskan rencana anggaran belanja sekolah berdasarkan pengajuan SMA TN dengan pertimbangan Komite Sekolah dan YKPP, merumuskan besaran iuran sekolah dan uang pangkal, mencari dan mengelola sumber-sumber keuangan yang sah lainnya untuk mencapai visi, misi, dan tujuan penyelenggaraan pendidikan di SMA TN.
Dalam bidang material LPTTN memiliki kewenangan dalam merencanakan, mengadakan, memelihara, dan meningkatkan perangkat keras berupa sarana prasarana dan fasilitas pendidikan.
Di samping itu, LPTTN juga memiliki kewenangan dalam Konsep Dasar dan Filosofi Pendidikan, Strategi Pendidikan, Sistem Pendidikan, Kurikulum, serta Perangkat Lunak Pembinaan Kesiswaan dan Ketenagaan (berupa Tri Prasetya Siswa, Kode Kehormatan Siswa, PUDD, Perdupsis, Pedoman Penyelenggaraan Administrasi, dll).