LPTTN sebagai unit pengelola SMA TN berkedudukan di Jakarta. Kewajiban dan kewenangan LPTTN menyangkut managemen perencanaan, pelaksanaan, dan pengawasan / pengendalian kegiatan operasional SMA TN. Dalam hal ini LPTTN memiliki kewenangan dalam managemen personil atau sumber daya manusia (SDM), keuangan, dan material.
Dalam bidang SDM LPTTN menyelenggarakan rekruitmen siswa baru, rekruitmen dan pengelolaan/pembinaan personil (pengurus sekolah, pamong/karyawan sekolah), serta menetapkan keputusan-keputusan mendasar mengenai siswa dan pamong SMA TN, seperti penetapan sanksi berat bagi pelanggaran siswa, pengangkatan dan pemberhentian ikatan kerja personil, kenaikan pangkat dan penghasilan, dll.
Dalam hal managemen keuangan LPTTN merumuskan rencana anggaran belanja sekolah berdasarkan pengajuan SMA TN dengan pertimbangan Komite Sekolah dan YKPP, merumuskan besaran iuran sekolah dan uang pangkal, mencari dan mengelola sumber-sumber keuangan yang sah lainnya untuk mencapai visi, misi, dan tujuan penyelenggaraan pendidikan di SMA TN.
Dalam bidang material LPTTN memiliki kewenangan dalam merencanakan, mengadakan, memelihara, dan meningkatkan perangkat keras berupa sarana prasarana dan fasilitas pendidikan.
Di samping itu, LPTTN juga memiliki kewenangan dalam konsep dasar dan filosofi pendidikan, strategi pendidikan, sistem pendidikan, kurikulum, serta perangkat lunak pembinaan kesiswaan dan ketenagaan (berupa Tri Prasetya Siswa, Kode Kehormatan Siswa, PUDD, Perdupsis, Pedoman Penyelenggaraan Administrasi, dll).